キュニョーはその後も軍事研究を続け、1778年には“Théories de la Fortification”（直訳：防衛理論）を出版。1779年に、年660リーブルの恩給が与えられた [9] しかし、フランス革命が起こり、キュニョーはブリュッセルに逃れた。そこでは恩給も途絶え、貧しく暮らした。
1798年、エジプト遠征直前のアカデミーの講義でナポレオン・ボナパルトが知るところとなった[10]。グリボーバル、キュニョーらと共にプロジェクトに携わっており、フランス革命前後にかけて砲車を守り抜き、また、その時点で砲兵隊の警備長（commissaire général de l'artillerie）となっていたL.N.ロランがナポレオンに砲車プロジェクトの再検討について上申したが、エジプト遠征を理由に実現しなかった。
キュニョーは1800年にパリに戻り、商事審判官（consul）として収入を得られるようになり、生活費の心配はしなくてすむようになった。また、ナポレオンはキュニョーに1000フランの恩給を与えたと、1800年にロランがキュニョーについての貴重な記述を残している。恩給によりナポレオンはキュニョーに更なる改善をさせたがその効果はなかった、という別の記述もある[11]。砲車は1801年にパリのアカデミーの博物館（現在のパリ工芸博物館）で公開された。
キュニョーは1804年10月、パリで亡くなった。79歳だった。跡継ぎはいなかったが、ギロチンで処刑されたラボアジェと比べれば幸せな最後だった。キュニョーの死は、1804年10月の『ル・モニトゥールー』（Le Moniteur）誌（1789年から1901年まで発刊されたジャーナル誌）に報じられ、またこのとき試運転の様子も同時に掲載されていた。
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