元和の大殉教（げんなのだいじゅんきょう）は江戸時代初期の元和8年8月5日（1622年9月10日）、長崎の西坂で、カトリックのキリスト教徒55名が火刑と斬首によって処刑された事件。日本のキリシタン迫害の歴史の中でももっとも多くの信徒が同時に処刑されたもので、この事件の後、幕府による弾圧はさらに強化されてゆく。また、詳細がオランダ商館員やイエズス会宣教師によって海外に伝えられ、日本の歴史の中で26聖人の殉教とならんでもっともよく知られた殉教事件となっている。
徳川幕府は豊臣秀吉の禁教令を引き継いでキリスト教を禁止し、司祭や修道士、同宿（伝道士）を捕らえては牢に入れていた。死亡者のうち、33名は大村領鈴田（大村市）、他のものは長崎（長崎市）の牢獄に数年間つながれていたが、1622年8月に全員の処刑命令が出たことを受けて浦上を経由して西坂に連行され、そこで処刑されることになった。
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処刑されたのは神父や修道士、老若男女の信徒であった。女性や幼い子供が多いのは宣教師をかくまった信徒の一家を全員処刑したからであった
その内訳は火刑された者が25名で、その中にはイエズス会、フランシスコ会、ドミニコ会の司祭九人と修道士数名が含まれていた。残る30人は斬首された。火刑によって死亡したものの一人にイエズス会員カルロ・スピノラ神父がいた。彼は数学と科学に精通し、1612年に長崎で日本初の月食の科学的観察を行って緯度を測定したことで知られる。斬首されたものの中には日本人だけでなく、スピノラをかくまったことで逮捕・処刑されていたポルトガル人ドミンゴス・ジョルジの夫人イサベラと彼の忘れ形見である4歳のイグナシオもいた。
なお、この処刑の様子を見ていた修道士で、かつてセミナリヨで西洋絵画を学んでいたものが様子をスケッチし、マカオで完成させた油絵がローマに送られた。これは「元和大殉教図」として知られ、イエズス会本部であったローマのジェズ教会（Chiesa del Gesù）に保管され、今に伝えられている(絵はこちらを参照)。この事件のあと、迫害はさらに徹底され、弾圧は凄惨なものになっていく。
1868年、ローマ教皇ピウス9世によって55人全員が列福された。
火刑されたもの
カルロ・スピノラ イエズス会司祭
アントニオ（朝鮮人男性）
パウロ永石（日本人男性）
アントニオ三箇（日本人男性）
パウロ田中（日本人男性）
ルシア・デ・フレイタス（日本人女性。ポルトガル人と結婚）80歳くらい 火刑者の中の唯一の女性。
ほか総勢25名
斬首されたもの
マリア村山（日本人女性）
イサベラ・ジョルジ（ポルトガル人女性）
イグナシオ・ジョルジ（ポルトガル人イサベラの息子）4歳
アポロニア（日本人女性）
イグナチア（日本人女性）
マリア棚浦（日本人女性）
マリア秋雲（日本人女性）
マリア（朝鮮人アントニオの夫人）
ペトロ（朝鮮人アントニオの息子）3歳
カタリナ（日本人女性）
ドミニカ（日本人女性）
テクラ永石（パウロ永石夫人）
クララ山田（日本人女性）
ダミアノ多田（日本人男性）
ミカエル多田（ダミアノ多田の息子）5歳
クレメント（日本人男性）
アントニオ（クレメントの息子）3歳
ほか総勢30名
日本十六聖人（にほんじゅうろくせいじん）は1633年から1637年にかけて殉教した16名の司祭、修道者、信徒のことで1987年、ヨハネ・パウロ2世によって列聖された。その中に日本人司祭として初めての聖人であるトマス西、修道女の長崎のマグダレナ、大村のマリナ、フィリピン人のロレンソ・ルイス、フランス人司祭ギョーム・クルテが含まれている。詳細は以下の通り。主にドミニコ会士が多い。
トマス西 司祭
長崎のマグダレナ 修道女
大村のマリナ 修道女
ロレンソ・ルイス フィリピン人
ギョーム・クルテ フランス人司祭
ドミンゴ・イバニエス・デ・エルキシア 司祭
フランシスコ正右衛門 修道士
ハコボ・デ・サンタ・マリア朝長五郎兵衛 司祭
ミゲル・久郎兵衛
ルカス・デル・エスビリツ・サント 司祭
マテオ・デル・ロザリオ小兵衛 修道士
ホルダノ・デ・サン・ステファノ 司祭 イタリア
アントニオ・ゴンザレス 司祭
ミゲル・デ・アオサラサ 司祭
ヴイセンテ・デ・ラ・クルス塩塚 司祭
京都のラサロ